Во времена Ливонского ордена в окрестностях Липайки существовали вольные села, где хозяевами были кёнини – потомки куршской знати (лабиешей). В 1567 году церковь упоминается в письменных источниках как небольшое деревянное здание. Впоследствии было построено каменное здание, пережившее несколько реконструкций.
