1941.g. 26. jūnijā Daugavpili sagrāba vācu armija. Dažas dienas pēc tam sākās ebreju vajāšana. Par pirmo lielāko ebreju iznīcināšanas vietu kļuva tā dēvētais Dzelzceļnieku dārziņš aiz pilsētas cietuma.
1941.g. 15.jūnijā sekoja pavēle, ka visiem ebreju tautības iedzīvotājiem 10 dienu laikā ir jāpārceļas uz tilta nocietinājuma vietu, kur tika izveidots geto (Grīvā). Dažādos informācijas avotos minēts, ka geto tika sadzīti apmēram 14 tūkstoši cilvēku. Tie bija Daugavpils iedzīvotāji, bēgļi no Lietuvas, kā arī Krāslavas, Grīvas, Višķu, Indras, Dagdas, Ilūkstes apriņķa, tāpat citu Latgales pilsētu un miestu ebreji.
1942.gada 1. maijā, piedaloties V. Arāja komandai un vietējiem policistiem, tika iznīcināts gandrīz 500 ebreju. Dzīvi palika 487 cilvēki. Viņi tika pārcelti uz cietoksni, kur strādāja darbnīcās.
1943.gada 28. oktobrī vēl palikušos ieslodzītos nosūtīja uz Rīgu, Kaizervaldes rajonu. Savukārt 1944.gada rudenī pēdējos Daugavpils geto ieslodzītos ar tvaikoņiem nogādāja Dancigā (Polijā) un pēc tam ievietoja dažādās nometnēs: Bergenbelzenē, Štuthofā. Izdzīvoja apmēram simts ebreji, daļa no viņiem atgriezās Daugavpilī.
