Aizputes baptistu draudze dibināta 1869. gadā. pirmais mācītājs, vēlāk arī Latvijas baptistu draudžu bīskaps – Ādams Gertners, kurš vairākkārt turēts cietumā Aizputē un arī Kuldīgā.
Pirmais dievnams tiek uzcelts 1884. gadā. Taču pēc 8 gadiem 1892. gadā, ar ieganstu, ka baptistu dievnams ir pārāk tuvu pareizticīgo baznīcas dievnamam, cara administrācija liek uzcelto dievnamu nojaukt. 1893. gadā draudze pieņem lēmumu pirkt zemes gabalu Kuldīgas ielā 17 par 750 rubļiem. Un tajā pašā gadā tiek uzcelts otrais dievnams. Šajā namā draudze darbojas līdz pat 1937.gada 21. martam, kad Pūpolsvētdienas vakarā tas ugunsgrēkā iet bojā. Tiek nolemts vākt līdzekļus jauna dievnama būvniecībai. Draudze uzceļ savu trešo pēc baltvācu arhitekta Aleksandra Šmēlinga projekta 11 mēnešu laikā. 1939. gada Ziemassvētkos tas tiek iesvētīts. Draudze savu darbību nav pārtraukusi ne 1. ne 2. Pasaules karu laikā. No 1949. gada līdz 1990. gadam draudzes dievnamā savus dievkalpojumus notur arī septītās dienas adventistu Aizputes draudze, kurai padomju vara bija atņēmusi telpas, kur pulcēties.
